{"_id": "6863899cea93d26286331f49", "name": "rnaseq_berberecho_sra", "provider": "UDC", "url": "", "description": "Datos de RNA-seq de berberecho (Cerastoderma edule) en formato SRA correspondientes a un subconjunto de individuos.", "metadata": {"data_type": "RNA-seq", "date_added": "12-12-2024", "file_format": "SRA", "temporal_resolution": "Mensual (categórica)", "temporal_coverage": "4 fechas entre 2019 y 2020", "doi": "10.1101/2022.10.18.512677"}, "variables": {"ID": {"data_units": "N/A", "data_description": "Identificador único del individuo (ID del run en NCBI)", "data_type": "string", "cf_name": "", "cf_description": ""}, "BioSample": {"data_units": "N/A", "data_description": "Identificador del individuo en BioSample", "data_type": "string", "cf_name": "", "cf_description": ""}, "x": {"data_units": "metros", "data_description": "Coordenada X (este) en el sistema EPSG:25829", "data_type": "float", "cf_name": "projection_x_coordinate", "cf_description": "Coordenada este en el sistema de referencia de coordenadas proyectadas"}, "y": {"data_units": "metros", "data_description": "Coordenada Y (norte) en el sistema EPSG:25829", "data_type": "float", "cf_name": "projection_y_coordinate", "cf_description": "Coordenada norte en el sistema de referencia de coordenadas proyectadas"}, "location": {"data_units": "N/A", "data_description": "Lugar de muestreo (Lomos do Ulla o Noia)", "data_type": "string", "cf_name": "", "cf_description": ""}, "date": {"data_units": "fecha (AAAA-MM-DD)", "data_description": "Fecha de muestreo (fecha completa aunque sólo se conoce mes y año)", "data_type": "date", "cf_name": "time", "cf_description": "Fecha de observación o muestreo"}, "time": {"data_units": "categoría", "data_description": "Categoría de muestreo temporal (T0, T1, T2 o T3)", "data_type": "string", "cf_name": "", "cf_description": ""}, "organism": {"data_units": "N/A", "data_description": "Nombre científico del organismo (Cerastoderma edule)", "data_type": "string", "cf_name": "", "cf_description": ""}, "common_name": {"data_units": "N/A", "data_description": "Nombre común del organismo (berberecho común)", "data_type": "string", "cf_name": "", "cf_description": ""}, "worm_alpha_id": {"data_units": "N/A", "data_description": "Identificador del organismo en WoRMS (AphiaID: 138998)", "data_type": "string", "cf_name": "", "cf_description": ""}, "taxonomic_levels": {"data_units": "N/A", "data_description": "14 campos con los diferentes niveles taxonómicos del organismo", "data_type": "string", "cf_name": "", "cf_description": ""}, "tissue": {"data_units": "N/A", "data_description": "Tejido o zona del organismo muestreado", "data_type": "string", "cf_name": "", "cf_description": ""}, "infection": {"data_units": "valor de 0 a 4", "data_description": "Nivel de infección observado en el individuo (0: no infección, 4: infección alta)", "data_type": "integer", "cf_name": "", "cf_description": ""}, "path": {"data_units": "ruta de sistema de archivos", "data_description": "Ruta al directorio que contiene el archivo correspondiente", "data_type": "string", "cf_name": "", "cf_description": ""}}, "large_description": "Este conjunto de datos contiene secuencias de RNA (RNA-seq) correspondientes a un subconjunto de individuos de berberecho (Cerastoderma edule), almacenadas en formato SRA. Los datos fueron publicados en el artículo con DOI: 10.1101/2022.10.18.512677. Las muestras fueron tomadas en dos ubicaciones geográficas diferentes (Lomos do Ulla y Noia), y corresponden a cuatro fechas de muestreo distintas, categorizadas como T0, T1, T2 y T3. Las coordenadas x e y están referenciadas en el sistema EPSG:25829 y pueden transformarse a otros formatos usando herramientas como https://epsg.io. Cada registro incluye el identificador del run (ID), el identificador en BioSample, la localización, fecha y tiempo de muestreo, así como el nombre científico y común del organismo. También se indica el nivel de infección (valor de 0 a 4), el tejido muestreado y la ruta del archivo correspondiente. Se incluyen además 14 campos correspondientes a los diferentes niveles taxonómicos del organismo, junto con información necesaria para análisis transcriptómicos y bioinformáticos.", "view_name": "RNA-seq de berberecho en SRA", "_collection": "especies"}