Este conjunto de datos contiene secuencias de RNA (RNA-seq) correspondientes a un subconjunto de individuos de berberecho (Cerastoderma edule), almacenadas en formato SRA. Los datos fueron publicados en el artículo con DOI: 10.1101/2022.10.18.512677. Las muestras fueron tomadas en dos ubicaciones geográficas diferentes (Lomos do Ulla y Noia), y corresponden a cuatro fechas de muestreo distintas, categorizadas como T0, T1, T2 y T3. Las coordenadas x e y están referenciadas en el sistema EPSG:25829 y pueden transformarse a otros formatos usando herramientas como https://epsg.io. Cada registro incluye el identificador del run (ID), el identificador en BioSample, la localización, fecha y tiempo de muestreo, así como el nombre científico y común del organismo. También se indica el nivel de infección (valor de 0 a 4), el tejido muestreado y la ruta del archivo correspondiente. Se incluyen además 14 campos correspondientes a los diferentes niveles taxonómicos del organismo, junto con información necesaria para análisis transcriptómicos y bioinformáticos.
Puedes usar este dataset en la plataforma BigData con el commando ccmm.load('especies/rnaseq_berberecho_sra')
Descargar información| Datos básicos | |
|---|---|
| name | rnaseq_berberecho_sra |
| provider | UDC |
| url | |
| description | Datos de RNA-seq de berberecho (Cerastoderma edule) en formato SRA correspondientes a un subconjunto de individuos. |
| Variable | data_units | data_description | data_type | cf_name | cf_description |
|---|---|---|---|---|---|
| ID | N/A | Identificador único del individuo (ID del run en NCBI) | string | ||
| BioSample | N/A | Identificador del individuo en BioSample | string | ||
| x | metros | Coordenada X (este) en el sistema EPSG:25829 | float | projection_x_coordinate | Coordenada este en el sistema de referencia de coordenadas proyectadas |
| y | metros | Coordenada Y (norte) en el sistema EPSG:25829 | float | projection_y_coordinate | Coordenada norte en el sistema de referencia de coordenadas proyectadas |
| location | N/A | Lugar de muestreo (Lomos do Ulla o Noia) | string | ||
| date | fecha (AAAA-MM-DD) | Fecha de muestreo (fecha completa aunque sólo se conoce mes y año) | date | time | Fecha de observación o muestreo |
| time | categoría | Categoría de muestreo temporal (T0, T1, T2 o T3) | string | ||
| organism | N/A | Nombre científico del organismo (Cerastoderma edule) | string | ||
| common_name | N/A | Nombre común del organismo (berberecho común) | string | ||
| worm_alpha_id | N/A | Identificador del organismo en WoRMS (AphiaID: 138998) | string | ||
| taxonomic_levels | N/A | 14 campos con los diferentes niveles taxonómicos del organismo | string | ||
| tissue | N/A | Tejido o zona del organismo muestreado | string | ||
| infection | valor de 0 a 4 | Nivel de infección observado en el individuo (0: no infección, 4: infección alta) | integer | ||
| path | ruta de sistema de archivos | Ruta al directorio que contiene el archivo correspondiente | string |