Este conjunto de datos contiene información de genotipado correspondiente a cuatro poblaciones reoreferenciadas de berberecho (Cerastoderma edule), en formato genepop de 3 dígitos. Los datos fueron publicados en el artículo con DOI: 10.3389/fmars.2023.1057206. El genotipado fue realizado utilizando el protocolo 2b-RAD de genotyping-by-sequencing (GBS). Las coordenadas x e y de las muestras están referenciadas en el sistema de coordenadas geográficas EPSG:25829, aunque pueden transformarse a otros sistemas mediante servicios como https://epsg.io. Cada fila del dataset representa un individuo genotipado e incluye su identificador, población de origen (entre cuatro disponibles: SLO19, SLO18, SLO12 y SSA12), coordenadas de muestreo, fecha de toma de muestra (en formato completo aunque sólo se conoce mes y año), el nombre científico y común del organismo, así como su identificador en WORMS. Además, se incluyen 14 campos con los diferentes niveles taxonómicos del organismo, seguidos de columnas que representan los loci genotipados con sus respectivos valores.
Puedes usar este dataset en la plataforma BigData con el commando ccmm.load('especies/genotipado_berberecho_genepop')
Descargar información| Datos básicos | |
|---|---|
| name | genotipado_berberecho_genepop |
| provider | UDC |
| url | |
| description | Datos de genotipado de berberecho (Cerastoderma edule) en formato genepop, asociados a cuatro poblaciones reoreferenciadas. |
| Variable | data_units | data_description | data_type | cf_name | cf_description |
|---|---|---|---|---|---|
| ID | N/A | Identificador único del organismo genotipado | string | ||
| pob | N/A | Nombre de la población de origen (SLO19, SLO18, SLO12, SSA12) | string | ||
| x | metros | Coordenada X (este) en el sistema EPSG:25829 | float | projection_x_coordinate | Coordenada este en el sistema de referencia de coordenadas proyectadas |
| y | metros | Coordenada Y (norte) en el sistema EPSG:25829 | float | projection_y_coordinate | Coordenada norte en el sistema de referencia de coordenadas proyectadas |
| date | fecha (AAAA-MM-DD) | Fecha de la toma de muestra (día genérico, mes y año reales) | date | time | Fecha de observación o muestreo |
| organism | N/A | Nombre científico del organismo (Cerastoderma edule) | string | ||
| common_name | N/A | Nombre común del organismo (berberecho común) | string | ||
| worm_alpha_id | N/A | Identificador del organismo en WoRMS (AphiaID: 138998) | string | ||
| taxonomic_levels | N/A | 14 campos con los diferentes niveles taxonómicos del organismo | string | ||
| genotypes | código de genotipo (3 dígitos) | Columnas con loci genotipados y sus respectivos valores para cada individuo | integer |